Több mint százéves története során az épületegyüttes sok viszontagságon ment keresztül. 1944-ben több bombatalálatot kapott, majd a háborús sérülések helyreállítása helyett végzett átépítés során – Rados Jenő erőfeszítéseinek köszönhetően – sikerült ugyan megőrizni az épület szerkezetét és a palotaszárny néhány értékes részét, de ennek sok pusztítás és rengeteg elépítés volt az ára. A külső és a belső homlokzat lecsupaszítása befalazásokkal, elfedésekkel járt, később toldalék épületrészeket is emeltek, és a folyton változó használói-funkcionális igények kielégítése érdekében végzett hozzáépítések és belső átalakítások eredményeként további rétegek rakódtak az eredeti falakra és födémekre. Ezek visszabontása – az épületrehabilitáció első gyakorlati lépéseinek egyike – hamarosan befejeződik.
A Fortuna-udvarban már csak kisebb – pinceszintet érintő – bontanivalók maradtak, és az építészeti szempontból értéktelen irattári tömb sem áll már. Ezt a különálló épületrészt nem lehetett megtartani, mert az érvényben lévő statikai, tűzvédelmi és egyéb előírásoknak sem felelt meg. Az irattár polcrendszere és egyes vasbetonszerkezeti megoldásai a maga korában újító próbálkozásnak számítottak, ezért „tanúszerkezet” formában egy részét újraépítjük, mely megtekinthető lesz.
Az épületegyüttes többi részén a korábban megkezdett munkák folytatódnak. A Szentháromság téri főhomlokzaton jól haladnak a rizalit visszaépítésének előkészületeivel, amelynek során számos korabeli elfalazott kőszerkezet is feltárult. A bontás igazolta azokat a statikai problémákat, amiket a tervezés és az épületdiagnosztika feltárt, és további régészeti feltárásra is szükség lesz a hátsó udvarban. A födémcserék és a Fortuna-ház tisztítóbontása is az ütemtervnek megfelelően folyik.