Miközben a kivitelezők elsősorban a födémek megerősítésével, illetve cseréjével, a közmű-bekötések véglegesítésével és a vízszigetelés megfelelő kialakításával vannak elfoglalva, a háttérben a rekonstrukciós-, és kiviteli tervezési munkák is intenzíven zajlanak.
A háborús pusztítás, majd az ezt követő átépítések következtében nemcsak a homlokzatok, hanem az épületegyüttes belső tereinek rekonstrukciója is komoly szakmai kihívást jelent a tervezőknek. A Szentháromság tér felőli épületrész reprezentatív helyiségei közül csupán a földszinti előcsarnok és a díszlépcsőház maradt meg az eredetihez hasonló formában. A rizalit mögött húzódó díszterem, valamint a keleti és nyugati szárnyak nagytermei az 1950-es években végzett beavatkozásokat követően jelentősen átalakultak, egy-egy új födém beiktatásával pedig még régi belmagasságukat is elvesztették. Közvetlenül a háború után nem készült dokumentáció, ezért rendkívül nehéz feladat kideríteni, hogy mi történt az értékes berendezésekkel, faburkolatokkal.
Az egyik hiteles forrás Fellner Sándor 1908-ban kiadott albuma, amelyben részletesen leírja a kivitelezés részleteit, nehézségeit, ír a felhasznált anyagokról, és szerencsére rendkívül jók a képillusztrációk is. A kor legnagyobb fényképészei – Klösz György és Divald Károly – munkái nagy segítséget jelentenek egyes részletek megismerésében. A történelmi enteriőrök legnevesebb belsőépítészei – Baliga Kornél és Dr. Lukács Zsófia – vezetésével folyó munka jelenleg a reprezentációs helyiségek – tanácsterem, audienciás terem és előtereik, miniszteri fogadószoba, miniszteri dolgozószoba, díszterem és előcsarnoka – megtervezésére és a kutatásra koncentrál. A hiteles rekonstrukció terveinek elkészítéséhez további feltárásokra is szükség van, így a háború utáni hozzáépítések, illetve átépítések elbontása szintén hamarosan megkezdődik.
A rekonstrukciós szakértőkkel készült interjúban további részletes tartalom olvasható az Építészfórum cikkében.